12 ноября он обратился к президенту России с просьбой о помиловании "в связи с семейными обстоятельствами". 19 декабря 2013 года Владимир Путин на ежегодной пресс-конференции заявил, что Ходорковский согласно его прошению в ближайшее время будет помилован. На следующее утро, 20 декабря, он подписал указ о помиловании, освободив его от отбывания наказания. В тот же день Ходорковский вышел на свободу и вылетел в Германию.

Многие политики и правозащитники за рубежом и в России приветствовали освобождение Ходорковского, выражая надежду , что это приведёт к подъёму экономики в России.

Ходорковский заявил, что на 22 декабря намечена его первая после освобождения пресс-конференция.