Данная премия была вручена молодому учёному на основании Указа Президента В.В.Путина «О присуждении премий Президента Российской Федерации в области науки и инноваций для молодых учёных за 2012 год». Её размер - 2,5 млн. рублей, а присуждается она гражданам РФ за значительный вклад в развитие отечественной науки и в инновационную деятельность в целях стимулирования дальнейших исследований лауреатов указанной премии, создания благоприятных условий для новых научных открытий и инновационных достижений.

Чудаков является одним из ведущих мировых специалистов в области разработки и практического использования флуоресцентных белков и инструментов на их основе. Менее чем за 10 лет им выполнен ряд фундаментальных и прикладных работ, по результатам которых опубликовано более 60 статей (индекс цитирования – 2300, индекс Хирша – 23).

Флуоресцентные белки же являются уникальными генетически кодируемыми маркёрами живых объектов. Учёный "разработал более 20 инструментов на их основе, имеющих большую практическую значимость. Они широко используются в биомедицинских исследованиях на модельных животных, доклинических испытаниях лекарственных препаратов, микроскопии сверхвысокого разрешения, оптогенетических и фундаментальных исследованиях в области клеточной биологии, нейробиологии, иммунологии, онкологии.

Разработанный автором белок «Катюша» – лучший из существующих генетически кодируемых маркёров для визуализации объектов в толще живых тканей. Он активно используется во всём мире в исследованиях процессов опухолеобразования, а также для разработки противоопухолевых препаратов".